संस्कृति, पर्यटन तथा नागरिक उड्डयन मन्त्रालयको स्थापना १९७८ मा नेपाल सरकार द्वारा पर्यटन मन्त्रालयको रूपमा भएको थियो। यस मन्त्रालयको प्रारम्भिक उद्देश्य नेपालमा पर्यटनको विकास र प्रवर्द्धन गर्नु थियो, जसले नेपालको अर्थतन्त्र र संस्कृति दुवैलाई समृद्ध बनाउन मद्दत पुर्याउँथ्यो।
पछि, १९८२ मा नागरिक उड्डयन पनि यस मन्त्रालयमा समावेश गरिएको थियो, जसले नेपालमा हवाई यातायात र नागरिक उड्डयनको क्षेत्रको विकास र व्यवस्थापनमा योगदान पुर्यायो। यस बीचमा, २००० मा संस्कृति मन्त्रालयका पोर्टफोलियोहरू पनि यसमा समावेश गरिए, जसले नेपालको सांस्कृतिक धरोहर र परम्पराको संरक्षण र प्रवर्द्धनलाई प्राथमिकता दिन थाल्यो।
तर, २००८ मा संस्कृति, पर्यटन र नागरिक उड्डयन मन्त्रालयलाई दुई भागमा विभाजित गरिएको थियो: एक तर्फ पर्यटन र नागरिक उड्डयन मन्त्रालय, र अर्कोतर्फ संस्कृति र राज्य पुनर्संरचना मन्त्रालय। यस विभाजनका पछाडि उद्देश्य मन्त्रालयको कार्यक्षेत्र र जिम्मेवारीहरूलाई अझ सुसंगत र प्रभावकारी बनाउन थियो।
२०१२ मा, यस मन्त्रालयलाई पुनः नामकरण गरी **"संस्कृति, पर्यटन तथा नागरिक उड्डयन मन्त्रालय"**को वर्तमान रूप दिइयो। यसले मन्त्रालयको कार्यक्षेत्र र उद्देश्यलाई स्पष्ट र व्यवस्थित बनायो, जसले नेपालको संस्कृति, पर्यटन र नागरिक उड्डयनका सबै पक्षहरूलाई समेट्ने र एकीकृत ढंगले काम गर्ने आधार प्रदान गर्यो।
यस प्रक्रियाले संस्कृति, पर्यटन, र नागरिक उड्डयनका सबै पक्षहरूलाई एकै ठाउँमा समेटेर, नेपाललाई अन्तर्राष्ट्रिय मञ्चमा सांस्कृतिक धरोहरको संरक्षण, पर्यटक आकर्षण, र नागरिक उड्डयनको विकासका लागि समग्र दृष्टिकोण अपनाउन सघाएको छ।