भौतिक पूर्वाधार तथा यातायात मन्त्रालयको संरचना विभिन्न विभाग र निकायहरूद्वारा बनाइएको छ जसले यातायात क्षेत्रका सबै पक्षहरूलाई कभर गर्छ। यस मन्त्रालयका प्रमुख विभाग र निकायहरू निम्नलिखित छन्:
नेपाल शिपिङ कार्यालय (Nepal Shipping Office - NSO)
नेपाल शिपिङ कार्यालय जलमार्ग यातायातका व्यवस्थापन र नियमनको लागि जिम्मेवार छ। यसले नेपालका नदी र जलमार्गको उपयोगिता सुनिश्चित गर्दै, जल यातायातको अवसंरचना र विकासमा ध्यान पुर्याउँछ। जल यातायातले विशेष गरी नेपालका तराई क्षेत्र र अन्य जलमार्गहरूमा यातायातको सुविधा पुर्याउँछ, जसले व्यापार र यातायातलाई सरल बनाउँछ।
सडक विभाग (Department of Roads - DoR)
सडक विभाग नेपालको सडक संरचनाको जिम्मेवारी लिन्छ। यो विभाग सडक निर्माण, मर्मत र सुधारको कार्यलाई समन्वय गर्छ। नेपालमा सडक नेटवर्कको विकास र विस्तारमा यस विभागको महत्वपूर्ण योगदान छ। सडक विभागको मुख्य उद्देश्य नेपालभरि सडकहरूको द्रुत र सुरक्षित यातायात सुनिश्चित गर्नु हो।
यातायात व्यवस्थापन विभाग (Department of Transport Management - DoTM)
यातायात व्यवस्थापन विभाग सार्वजनिक यातायातको व्यवस्थापन र नियमनको लागि जिम्मेवार छ। यस विभागको काम यातायातको सुरक्षा, नियम र मापदण्डहरू सेट गर्न, र यातायात सेवाहरूको सन्तुलन र व्यवस्थापन सुनिश्चित गर्नमा मद्दत पुर्याउनु हो। यस विभागले सार्वजनिक यातायातको सुविधाको स्तर सुधार्ने र यातायात दुर्घटनाहरू घटाउने कार्यमा सक्रिय भूमिका खेल्छ।
रेल विभाग (Department of Railways - DoRW)
रेल विभाग नेपालको रेल यातायातका सबै पक्षहरूको व्यवस्थापन र नियमनमा संलग्न छ। नेपालमा रेल यातायातको विकास र विस्तारमा यो विभाग महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्दछ। रेलमार्गहरूको निर्माण, सुधार र सञ्चालनमा यस विभागको योगदान महत्त्वपूर्ण छ, विशेष गरी नेपालको उत्तरदिशा र दक्षिणदिशामा यातायातको लागि।
रोड बोर्ड (Road Board Nepal - RBN)
रोड बोर्ड नेपालको सडक पूर्वाधारको विकास र सुधारमा महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छ। यस बोर्डको मुख्य उद्देश्य सडकहरूको मर्मतसम्भार र सुधारका लागि आवश्यक स्रोत र कार्यक्रमहरूको व्यवस्थापन गर्नु हो। यसले सडकका लागि बजेट व्यवस्थापन गर्ने, नयाँ सडक निर्माणका लागि योजना बनाउने र सडकहरूको लम्बाइ र गुणस्तर सुधार गर्ने कार्य गर्दछ।