नेपाल आयल निगमको मुख्य कार्यालय काठमाडौंको बबरमहलमा रहेको छ, जहाँबाट सम्पूर्ण देशभरिका कार्यहरू सञ्चालन र नियमन गरिन्छ। यो मुख्यालय निगमको नीति निर्माण, वित्तीय व्यवस्थापन, तथा समन्वय केन्द्रको रूपमा कार्यरत छ। यहाँ कर्मचारीहरूका विभिन्न विभागहरू छन्, जसले आयात, भण्डारण, वितरण, र प्रशासनिक कार्यहरू सम्हाल्छन्। काठमाडौंमा मुख्यालय भएकोले निगम सरकारसँग सिधा समन्वयमा रहन्छ र विभिन्न मन्त्रालयहरूसँग निकट सम्बन्ध कायम राख्छ।
निगमले सातै प्रदेशमा प्रदेश कार्यालयहरू स्थापना गरेको छ, जसले हरेक प्रदेशमा पेट्रोलियम पदार्थहरूको समुचित वितरण सुनिश्चित गर्दछ। यसले उपभोक्तासम्म इन्धन पु-याउन सहजता प्रदान गर्ने मात्र होइन, आपूर्ति व्यवस्थापनमा स्थानीय स्तरबाट नियमित अनुगमन र नियमन पनि गर्न सहयोग पुर्याउँछ। प्रदेश कार्यालयहरू बाहेक तीन वटा शाखा कार्यालय, दुईवटा इन्धन डिपो, र एकवटा पेट्रोल पम्प सञ्चालनमा छन्। यसका साथै दशवटा हवाई इन्धन डिपोहरू नेपालका विभिन्न विमानस्थलहरूमा रहेका छन्, जसले हवाई इन्धन आवश्यकतामा समेत सहयोग पुर्याउँछ।
सन् २०२० सम्म निगममा १२०० भन्दा बढी कर्मचारीहरू कार्यरत छन्, जसमा स्थायी र संविदा कर्मचारीहरू समावेश छन्। कर्मचारीहरूको यो ठूलो संख्याले निगमको भौगोलिक रूपमा फैलिएको सेवा सञ्जाललाई सम्हाल्न सक्षम बनाएको छ। कर्मचारीहरू भण्डारण व्यवस्थापन, आपूर्ति शृंखला, तथा ग्राहक सेवा लगायत विविध क्षेत्रमा कार्यरत छन्। यसरी व्यापक कार्यालय सञ्जाल र कर्मचारी संरचनाले नेपालभर पेट्रोलियमको सुचारु आपूर्ति सुनिश्चित गरेको छ।