खोटाङ जिल्ला अस्पतालमा २४ सै घण्टा आकस्मिक सेवा सञ्चालनमा रहेको छ। दुर्घटना, अचानक बिरामी हुने अवस्था, चोटपटक, जटिल स्वास्थ्य समस्या तथा अन्य आपतकालीन अवस्थाका बिरामीलाई तुरुन्त उपचार तथा प्राथमिक स्थिरीकरण सेवा उपलब्ध गराइन्छ। आकस्मिक कक्षमा मेडिकल अफिसर, स्वास्थ्य सहायक तथा अन्य स्वास्थ्यकर्मी निरन्तर सेवामा खटिएका हुन्छन्।
पहाडी जिल्लामा आकस्मिक अवस्थामा समयमै उपचार प्राप्त गर्न कठिन हुने भएकाले अस्पतालको इमर्जेन्सी सेवा अत्यन्त महत्वपूर्ण मानिन्छ। सडक दुर्घटना, लडेर चोट लाग्ने घटना तथा आकस्मिक स्वास्थ्य समस्या भएका बिरामीलाई प्राथमिक उपचारपछि आवश्यक परे धरान, विराटनगर वा काठमाडौं जस्ता ठूला अस्पतालमा रेफर गरिन्छ। यसले धेरै बिरामीको ज्यान बचाउन सहयोग पुर्याएको छ।
अस्पतालको बाह्य रोगी विभाग (ओपीडी) मार्फत दैनिक रूपमा स्वास्थ्य परीक्षण, रोग निदान तथा औषधि परामर्श सेवा उपलब्ध गराइन्छ। सामान्य चिकित्सा, ज्वरो, संक्रमण, पेटसम्बन्धी समस्या, रक्तचाप तथा अन्य दीर्घरोगको उपचार नियमित रूपमा गरिन्छ। साथै ज्येष्ठ नागरिकका लागि छुट्टै सेवा सुविधा पनि सञ्चालनमा ल्याइएको छ, जसले वृद्धवृद्धालाई सहज स्वास्थ्य सेवा प्राप्त गर्न मद्दत गरेको छ।