नेपालमा योजना आयोगको शुरुवात १९५६ मा भयो। प्रारम्भमा यसलाई योजना मण्डल नाम दिइएको थियो, जुन १९५७ को योजना मण्डल ऐन अनुसार पुनः नामाकरण भयो। १९६१ मा बिना पार्टी पञ्चायत प्रणालीको सुरु भएपछि, राष्ट्रिय योजना परिषद् स्थापना भयो जुन तत्कालीन राजाको अधीनस्थ थियो।
सन् १९६३ मा उक्त परिषद् भंग गरी नयाँ परिषद् गठन गरियो, जसको अध्यक्ष परिषद् मन्त्रीहरुको समिति अध्यक्ष हुन्थ्यो र सबै मन्त्रीहरू स्वचालित रूपमा सदस्य हुन्थे। यसै क्रममा आर्थिक मामिला मन्त्रालयलाई आर्थिक योजना मन्त्रालयमा पुनः नामाकरण गरियो।
१९६८ मा आर्थिक योजना मन्त्रालयले गर्दै आएको विकास बजेट तथा वैदेशिक सहायता सम्बन्धी सबै कामहरू अर्थ मन्त्रालयलाई हस्तान्तरण गरियो। त्यसपछि राष्ट्रिय योजना परिषद् प्रधानमन्त्रीको अध्यक्षतामा राष्ट्रिय योजना आयोगमा परिणत भयो। १९७२ मा आयोगको कार्यक्षेत्र र जिम्मेवारीहरूको पुनरावलोकन पछि यसलाई पुनःसंरचना गरियो।
१९९० मा बहुदलीय लोकतन्त्रको पुनर्स्थापनापछि नयाँ सरकारले फेरि आयोगको पुनःसंरचना गरी प्रधानमन्त्रीलाई अध्यक्ष र एक पूर्णकालीन उपाध्यक्ष सहित पाँच सदस्य र एक सदस्य सचिव सहितको गठन गर्यो। हालको आयोग संरचना २०१० मा मन्त्रीपरिषद्को कार्यकारी आदेशमार्फत स्थापित गरिएको हो।