स्वास्थ्य बीमा बोर्डमा कार्यरत कर्मचारीहरू विभिन्न विभागमा वर्गीकृत गरिएका छन्, जस्तै प्रशासन, लेखा, सूचना प्रविधि, दाबी व्यवस्थापन, नीति तथा योजना, प्रशिक्षण र अन्य। हरेक विभागमा तालीमप्राप्त, अनुभवी र प्राविधिक दक्षता भएका कर्मचारी खटाइएका छन्।
प्रशासनिक विभागले मानव संसाधन व्यवस्थापन, कार्यालय सञ्चालन, र समन्वय कार्य गर्दछ। लेखा विभागले आर्थिक कारोबार, बजेटको प्रबन्ध तथा दावी भुक्तानीको लेखाजोखा सम्हाल्दछ। आई.टी. विभागले डिजिटल प्रणाली विकास, बीमितको डेटा व्यवस्थापन तथा सूचना सुरक्षा सुनिश्चित गर्दछ।
दाबी विभागमा मेडिकल अफिसर, फार्मेसी अफिसर, नर्सिङ अफिसर, ल्याब टेक्नोलोजिस्ट आदि कर्मचारीहरू कार्यरत छन्, जसले बीमित नागरिकको उपचार बिल प्रमाणिकरण, मूल्यांकन, र दाबी स्वीकृति सम्बन्धी जिम्मेवारी सम्हाल्छन्।
त्यसैगरी, नीति तथा योजना विभागले कार्यक्रमको दिगो विकास रणनीति तयार गर्छ, अनुगमन तथा मूल्याङ्कन (M&E) इकाईले प्रभावकारिता मूल्यांकन गर्छ, र प्रशिक्षण विभागले बीमा प्रणालीमा आबद्ध पक्षहरूलाई नियमित तालीम र अभिमुखीकरण कार्यक्रम सञ्चालन गर्छ।