नेपाली कम्युनिष्ट पार्टी गठन भएकै छिट्टै विभिन्न चुनौती सामुन्ने भएको छ। सबैभन्दा ठूलो चुनौती हो विभाजित वामपन्थी दलहरुको पुनर्संगठन र अन्तरद्वन्द्वको समाधान। विगतमा धेरै कम्युनिष्ट दलहरु विभिन्न कारणले भनभन भए वा विभाजित भए - त्यसैले नयाँ पार्टीले त्यस हिसाबले भरोसा पुनःस्थापित गर्नु आवश्यक छ।
युवा वर्गद्वारा उठाइएको सामाजिक मिडिया आन्दोलन, भ्रष्टाचार तथा राजनीतिक अपारदर्शिताको विरोध, र पुराना संरचनाहरु प्रति बढ्दो असन्तुष्टि पार्टीको लागि समायोजनका महत्त्वपूर्ण विषय बनेका छन्। साथै, संघीयता, स्थानीय शासन, विकास नीतिहरु र सत्ताको अपेक्षाले दलमाथि दबाब बढाएका छन् , पार्टीले मात्र कार्यक्रम बनाउनु होइन, व्यवहारमा परिणाम देखाउनु पर्नेछ।
अर्कोतर्फ, संगठनात्मक संरचना, संसाधन अभाव, स्थानीय तहसम्म पहुँच विस्तार गर्न चुनौती रहेको छ , नयाँ दल बनेका बेला भूमिका स्पष्ट गर्नु र जिम्मेवारी लिनु मात्र पर्याप्त होइन, निरन्तर कार्यान्वयन र जनसम्पर्क मार्फत विश्वसनीयता बनाउनु आवश्यक छ।